日本の子供を守るため、悪の組織に立ち向かう！！

中国・少林寺で武術を学ぶ天才少年・カンフーくん（チャン・チュワン）は、「南ピン拳」の免許皆伝を得るため、僧侶たちと戦い、毎日厳しい修行を行っていた。大人相手でも圧倒的な強さで勝ちつづけ、免許皆伝まであと一歩のところまでたどり着く。しかし“最後の敵”が、なんと日本にいることを知らされビックリ！師匠の秘技で空のかなたに吹き飛ばされてしまう。

東京の下町まで吹き飛ばされたカンフーくんは、中華料理屋「ニュー幸楽」のおかみさんで太極拳の達人・泉ちゃん（泉ピン子）と出会う。泉ちゃんと孫娘のレイコ（藤本七海）に気に入られ、カンフーくんは、「ニュー幸楽」に住むことになった。
カンフーくんはお店を手伝いながら“最後の敵”を探していた。
ある時、登校の途中にガキ大将からいじめられていたレイコを、得意の少林拳で助けた。それをきっかけに、彼女の通う小学校に弟として一緒に通うこととなった。そこで出会ったさゆり（矢口真里）、優香先生（佐藤めぐみ）などクラスのみんなにかわいがられ、学校の人気者になる。

ある日、日本の支配をたくらもうとする集団たちが送り込まれてきた。彼らは黒校長（笹野高史）と共にゲームソフトを使って子供たち全員を洗脳し、勉強することをやめさせ、ダメ人間にすることをたくらんでいた。しかしただ一人、洗脳されなかったレイコは「黒文部省」のボス・黒文部大臣（西村雅彦）によって連れ去られてしまう。

果たして、カンフーくんは「黒文部省」の陰謀を阻止し、レイコを助けることができるのか!?そして“最後の敵”を倒し、「南ピン拳」の免許皆伝を得ることができるのか!?最後の力を振り絞って、カンフーくんは走り出した！